El fútbol llegó sobre el final del siglo XIX a Costa Rica, donde empezaron a formarse distintos clubes en las principales provincias del país, incluyendo Limón, donde se construía un ferrocarril para conectar San José con el Caribe y donde había trabajadores de origen inglés.
En 1920 ya se realizaban partidos con los clubes mejor organizados en el parque La Sabana de San José, donde figuraban Liga Deportiva Alajuelense, La Libertad, Club Sport Cartaginés, Gimnástica Española y la Sociedad Gimnástica Limonense.
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Fue hasta 1921 que se tomó la decisión de crear la Liga Nacional de Fútbol y un Tribunal Supremo para resolver conflictos. Con el apoyo de los 7 principales clubes del país, quienes tenían un representante en cada asamblea celebrada por el ente.
Tras seis años de existencia la Liga Nacional de Fútbol consigue asociarse a la FIFA en el año 1927, esto gracias al fuerte apoyo que recibió por parte del gobierno y la iglesia, quienes tenían mucho poder en esa época.
Después de permanecer por 10 años como Liga Nacional de Fútbol, en 1931 se cambia el nombre a Federación Deportiva de Costa Rica. Sería hasta 1961 que adoptaría su actual nombre de Federación Costarricense de Fútbol.
Cuenta con un total de seis ligas asociadas, UNAFUT (Primera División), LIASCE (Segunda División o Liga de Ascenso), LINAFA (Fútbol Aficionado), LIFUTSAL (Fútbol sala), ADEFUPLA (Fútbol Playa) y UNIFUT (Fútbol Femenino).
Actualmente es una organización muy respetada a nivel mundial, debido a los buenos logros deportivos que ha conseguido por medio de clubes y selección nacional.