Los águlas fueron fundadas el 29 de agosto de 1928 por la fusión de los clubes América y Honduras Atlético, fue bautizado con ese nombre para exaltar el patriotismo en atención al nombre del río que en aquellos años era objeto de litigio entre Honduras y Guatemala.
Su primer plantel fue integrado por Carlos Valladares, Juan Ferrera, Pedro Berríos, Rómulo Mejía, Arístides Rosales, José María Zúñiga, Basilio Kafati, Marco Antonio Ponce, Constantino Gálvez, Juan Ángel Flores y Lurio Martínez.
El azul profundo es de los clubes que le gusta apostar por sus fuerzas basicasy se refleja en el trabajo que se realiza en las ligas menores (pluma, premosco, mosco, infantil, juvenil, mayor) y en la reservas, actuales campeones.
SEGUNDO EQUIPO CON MÁS TÍTULOS EN HONDURAS
Las águilas evantaron su primera copa en el torneo 1968-69 bajo el mando de Rodolfo 'Popo' Godoy.
Bajo su palmarés los azules cuentan con los torneos de Liga Nacional de 1968/69, 1970/71, 1973, 1978/79, 1991/92, Apertura 1997/98, Clausura 1998, Apertura 1999/2000, Clausura 2000, Apertura 2001, Apertura 2006, Clausura 2011 y Apertura 2014, además fue campeón centroamericano en 2007.
Por sus filas han pasado grandes entrenadores y futbolistas destacando entre los más recientes: Amado Guevara, Iván Guerrero, Víctor 'Muma' Bernárdez y Emilio Izaguirre.
Bajo el mando de Ramón 'Primitivo' Maradiaga han vivido sus mejores momentos y alcanzaron cuatro títulos que son: Apertura 1997/98, Clausura 1998, Apertura 2006 y Clausura 2011. Además, conquistó un campeonato de clubes a nivel centroamericano en 2007.
El triunfo más amplio del Motagua fue al vencer 7-0 a Super Estrella el 24 de noviembre de ese 1991.
Motagua es el único club hondureño que participó en un torneo de Conmebol. Motagua cayó con marcador global de 6-1 ante el Arsenal de Argentina en 2008.
En el Clausura 2011 y con Maradiaga en el banquillo consiguió su último campeonato, venció 5-3 en el global al conjunto merengue en la final y festejó su décima segunda copa.
El jugador con más logros en el club es Milton 'Jocon' Reyes, quien ganó los últimos siete títulos del club en la Liga Nacional y el torneo centroamericano de 2007.
Esta vez conducidos por el argentino Diego Vázquez sueña con volver a tocar la gloria y sumar la copa 14 a sus vitrinas.
Sus técnicos campeones coas águilas han sido: “Primi” Maradiaga 4, Carlos Padilla 2, “Popo” Godoy 1, Mon Rodríguez 1, N. Matamala 1, Pepe Treviño 1. Chito Reyes 1, G. Yearwood 1 y Diego Vázquez 1.
