De entrada se topó con muchos obstáculos y fracasó en su primer intento, en 2004, dos años después de tomar este puesto, la Bicolor caída en San Pedro Sula eliminada rumbo al Mundial de Alemania 2006, precisamente a manos de Jorge Luis Pinto, actual DT de Honduras, que en ese momento dirigía a Costa Rica.
Este revés sirvió a Callejas para tomar experiencia y en la siguiente eliminatoria rumbo a Sudáfrica 2010, el dirigente se apoyó en una Comisión de Selecciones comandada por Rafael Ferrari y el técnico colombiano Reinaldo Rueda y así se logró un objetivo 8 años después de tomar posesión del cargo.
Eso sí, antes tuvo tres éxitos importantes, pues en 2007 la Sub-17 bajo su administracin clasificó al Mundial de Corea, un año después en 2008, Honduras también llegó a los Juegos Olímpicos de Beijing y 2009 sus éxitos seguirían llevando a la Sub-20 al Mundial de Egipto y a la Sub-17 a Nigeria clasificando por segunda vez consecutiva a esta justa en dicha categoría.
En 2010 llegó con la Selección Mayor a Sudáfrica y otra consecución fue llevar a la Sub-23 a otras olimpiadas, esta vez a Londres 2012 donde se avanzó a cuartos de final.
En 2013 la Sub-17 fue a otra competencia mundialista y también llegó a cuartos de final, luego otro exito fue llevar a la Bicolor a Brasil 2014 y culminó su ciclo clasificando en 2015 a otra Sub-17 al mundial de Chile.
En total, Rafael Callejas tuvo en su administración dos mundiales mayores, dos Juegos Olímpicos y también cinco clasificaciones a mundiales a nivel juvenil (3 Sub-17 y 2 Sub-20).
Rafael Callejas siempre asistió a los estadios para ver a la selección en compañía de su familia.
Su trayectoria al frente de Fenafuth le permitió un reconocimiento por parte del Congreso Nacional de la República.
Norma Regina, su esposa, siempre ha estado con él durante su gestión en 13 años en la Fenafuth.
Rafael Callejas durante su administración nos clasificó al Mundial de Sudáfrica 2010 y Brasil 2014.
