Rubio, de 24 años, regresa a los Orgullosos tras su paso en el 2019. Jugará en calidad de préstamo procedente del Santa Clara de la Primera División lusa.
El hondureño tenía la ilusión de volver a la Primeira Liga, pero el Santa Clara tuvo un problema en la transferencia de un jugador, por lo que lo firmó y lo cedió mientras solventa el inconveniente.
Jonathan Rubio la temporada militó en el GD Chaves en la liga plata del fútbol portugués. En su paso por el Coimbra en el 2019, el hondureño disputó 12 partidos y anotó dos goles.
En Portugal, Rubio también ha vestido las camisas de Gil Vicente, Varzim y Tondela.
Fuera de Copa Oro y Juegos Olímpicos
Jonathan Rubio disputó con la Selección de Honduras el Final Four de la Liga de Naciones y el amistoso contra México. Tras ello se concentró con la 'H' y estuvo en lista para reforzar la Sub-23 para los Juegos Olímpicos de Tokio.
También estaba en lista preliminar para la Copa Oro 2021. Pero tuvo que viajar a Europa para definir su futuro. Esta decisión le dejó fuera de los dos eventos de la 'Bicolor'.