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El conjunto dirigido por Héctor Vargas no llega con los mejores números a esta instancia del campeonato, en su historias en repechajes solo ha logrado pasar en dos ocasiones.
En el torneo Clausura 2011-2012 ante el Vida, los verdes pasaron a la semifinales superando a los rojos 2-1 con goles de Jerry Palacios y David Meza.
Torneo Clausura 2013-2014 ante Motagua, el equipo verdolaga superó la llave ganando en la ida 2-1 con goles de Kevin Espinoza y Diego Reyes, en el encuentro de vuelta en el estadio Nacional empataron 0-0 y con eso accedió.
Números de Marathón en repechajes.
Clausura 2011-2012, repechaje
25 abril 2012: Vida 0 Marathón 0
29 abril 2012: Marathón 2 Vida 1, Jerry Palacios, David Meza- Abner Méndez
Marathón clasificó a semifinales
Apertura 2012-2013, repechaje
16 noviembre 2012: Atlético Choloma 0 Marathón 0
21 noviembre 2012: Marathón 2 Atlético Choloma 2, Mario Berríos 2- Aldo Oviedo, Osman Hernández
Clasificó Atlético Choloma a semifinales por goles de visita
Clausura 2012-2013, repechaje
24 abril 2013: Platense 1 Marathón 1, Juan Pablo Montes- Rony Flores
28 abril 2013: Marathón 1 Platense 3, Lester Blanco- Jorge Cardona, Bayron Méndez, Juan Pablo Montes.
Clasificó Platense a semifinales
Clausura 2013-2014, repechaje
16 abril 2014: Marathón 2 Motagua 1, Kevin Espinoza, Diego Reyes- Omar Elvir
20 abril 2014: Motagua 0 Marathón 0
Clasificó Marathón a semifinales
Clausura 2014-2015, repechaje
6 mayo 2015: Real España 4 Marathón 1, autogol Mauricio Sabillón, Claudio Cardozo, Victor Núñez, Ramón Núñez- Diego Reyes
9 mayo 2015: Marathón 2 Real España 0, Mario Berríos, Johnny Leverón
Real España clasificó a semifinales
Apertura 2015-2016, repechaje
22 noviembre 2015: Marathón 0 Vida 0
25 noviembre 2015: Vida 0 Marathón 0
Vida clasificó a semifinales por mejor posición en las vueltas
Clausura 2015-2016, repechaje
5 mayo 2016: Marathón 1 Real España 0, Josimar Moreira
8 mayo 2016: Real España 2 Marathón 0, Nicolás Cardozo, Bryan Acosta
Real España clasificó a semifinales
Apertura 2016-2017, repechaje
23 noviembre 2016: Marathón 1 Motagua 2, Diego Reyes- Autogol Samuel Córdoba, Félix Crisanto
27 noviembre 2016: Motagua 1 Marathón 2, Rubilio Castillo- Diego Reyes, Jairo Puerto
Motagua clasificó a semifinales por mejor posición en las vueltas
Clausura 2016-2017, repechaje
3 mayo 2017: Marathón 1 Honduras Progreso 0, Joshua Vargas
6 mayo 2017: Honduras Progreso 1 Marathón 0, Jerrel Britto
Honduras Progreso clasificó a semifinales por mejor posición en las vueltas
Resumen
Marathón: 9 repechajes: Clasificó en 2 y eliminado en 7.
