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Hoy cumple 93 años de historia, lagrimas y alegrías. Presumen de nueve títulos de campeón en Honduras y ser cuna de grandes jugadores.
Los primeros años de Marathón no fueron buenos y tuvieron que sufrir antes de saborear la victoria. De la mano de Héctor 'Mico' Mejía conquistó dos subcampeonatos en los torneos 1966-67, luego con Enrrique 'Quique' Grey tampoco lograron la hazaña en 1973-74.
La afición verdolaga sufrió sin celebrar un título, pero en la temporada de 1979 llegó la tan ansiada copa de campeón, Ángel Ramón 'Mon' Rodríguez se ganó el cariño de la enorme hinchada verdolaga al lograr el campeonato en dicho campeonato de la mano de figuras Roberto “Robot” Bailey, Arturo “Pacharaca” Bonilla, Francisco Javier Toledo, Celso Güity, Efraín “Pucho” Osorio, Ramón “Albañil” Osorio, René “Maravilla” Suazo, Jorge Alberto “Cuca” Bueso, Félix Carranza, Jorge Phoyoú (uruguayo), Alberto Merelles (argentino), Juan Carlos Weber (argentino), entre otros.
Este es el último Marathón campeón del torneo Clausura 2017.
Sin embargo, los esmeraldas entró a un bache, Marathón era protagonista, pero mientras pasaban los años, se acentuaba la crisis en toda la década de los 90's yéndose en blanco.
Fue hasta le llegada del 'maestro' Chelato Uclés y cambió la historia. Desde el Clausura 2001-02 todo cambió cuando Uclés los regresó a la gloria sumando su tercer título, luego fueron monarcas en el 2003, 2004, 2007, 2008 y 2009.
Luego tuvieron que pasar nueve años hasta que el argentino Héctor Vargas llegara al baquillo verdolaga para ganar la novena.
Campeonatos de Marathón en su historia.
1979: Ángel Ramón Rodriguez
1985: Gonzalo Zelaya
2002: Torneo Clausura José de la Paz Herrera.
2003: Torneo Clausura Flavio Ortega
2004: Torneo Apertura Nicoláz Suazo
2007: Torneo Apertura Manuel Keosseián
2008: Torneo Apertura Manuel Keosseián
2009: Torneo Apertura Manuel Keosseián
2017: Torneo Clausura Héctor Vargas
CAMPEÓN DE COPA
1994
2007
SUBCAMPEONATOS
Temporada 1966
Temporada 1967/68
Temporada1973
Temporada 1980
Temporada 1987
Torneo Clausura 2004
Torneo Clausura 2005
Torneo Apertura 2005,
Torneo Clausura 2007
Torneo Clausura 2008
Torneo Clausura 2014