Según algunos reportes de esa noche, el guaraní discutió con un presunto narcotraficante que, minutos después, sacó un arma de fuego y baleó al delantero del América. Tenía 29 años cuando ocurrió el suceso.
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Pese al disparo, y con la fortuna de la ubicación del proyectil, Salvador Cabañas sobrevivió tras un coma y una delicada semana en la que se debatió entre la vida y la muerte. Sin embargo, las secuelas no le permitieron continuar con su carrera deportiva y en 2012 se anunció su retiro del fútbol profesional. Por tal motivo se perdió el Mundial de Sudáfrica.
Fue el 21 de mayo cuando recibió el alta. El paraguayo continuó asistiendo a rehabilitación y, tras cuatro meses, se despidió de la clínica.
En 2007, Salvador Cabañas fue máximo goleador de la Copa Libertadores con 10 tantos. La misma distinción la repitió en 2008, con 8 dianas. Con la selección de Paraguay disputó 44 partidos, anotando 10 goles y repartiendo 11 asistencias.