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Martínez se agenció el primer pase a la Liga Nacional en la temporada 2002-03 con el Atlético Olanchano, vencieron al Deportes Savio, en el partido de ida ganaron 1-0, en la vuelta 1-1 (Global 2-1).
El segundo fue con el Hispano de Comayagua en el Clausura 2004-05, los dos partidos de las finales empataron 1-1 y en penales los 'Burritos' fueron letales 8-7.
El Savio vio que tenia suerte en los ascenso, lo contrató en el 2006-07 y en le occidente celebraron su pase a primera división, en esa ocasión fue ante el Arsenal de Roatán. la ida ganaron 3-0 y en la vuelta 2-0, (Global 3-2).
Luego de una mala temporada con el Platense en el Clausura, renunció a su cargo en la dirección técnica y Carlos Caballero culminó el torneo.
'Carlón' quedó libre y tras la destitución de Horacio Londoño en los tocoeños, decidió hacerse de sus servicios para esta gran final en el Clausura 2018-19, en el Francisco Martínez Durón perdio 1-0, en el Juan Ramón Brevé ganó 1-0, en penales 4-3.
Martínez está a uno de igualar la marca que dejó el Carlos 'Zorro' Padilla que se quedó con cinco.
Ascensos de Carlos Martínez
2002-03 Atlético Olanchano
2004-05 Hispano
2006-07 Deportes Savio
2018-19 Real Sociedad