Sin embargo, su fama se la ganó gracias al fútbol, pues se convirtió en uno de los entrenadores con más conocimiento y llegó a ser llamado como el 'filósofo' del fútbol en Honduras.
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Su carrera como técnico la inició cuando tenías apenas 24 años. Dirigió al Broncos de Choluteca y también al Deportes Progreseño y a los dos ascendió a Liga Nacional, también dirigió al Independiente Villela, Universidad y Nacional de Tegucigalpa, Tigres de La Lima; ascendió de liga mayor a segunda división al Villanueva, Real Juventud de Santa Bárbara.
También en su momento de gloria se hizo cargo del Marathón, Olimpia y Real España
Uno de su mejores momentos de Edwin Pavón fue cuando tomó al Olimpia en el año 2000, mismo en el que el mismo año logró quedar campeón con el club albo en la temporada 2000-2001, además dirigiendo a un equipazo logró clasificarse al Mundial de Clubes en el 2001.
Sin embargo tuvo momentos amargos en su carrera como sus tres descensos sufridos con el Club Broncos 1995/96, Atlético Olanchano 2007/08. Además con Real Juventud de Santa Bárbara perdió la categoría en la temporada 2008/09.
Con la selección nacional de Honduras fue el técnico de la selección Sub-23 en el proceso eliminatorio de los Juegos Olímpicos de Atenas en 2004. También estuvo al mando de la selección que clasificó a la Copa Oro en 2003 vía repechaje.
En el 2003 Edwin Pavón fue el primer técnico que logró sacar un punto en el Estadio Azteca en la Copa Oro del año 2003. Los aztecas estaban dirigidos en ese entonces contra Ricardo La Volpe.
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En el 2006 logró clasificar al Hispano a las semifinales del torneo nacional en Honduras.
