El primer tanto de Munir en el estadio Cornellá-El Prat llegó en el minuto 31, recibiendo de Lionel Messi y recortando al arquero rival, antes de disparar a puerta vacía.
Casi con el tiempo cumplido, Munir (88) firmó el segundo a pase de Aleix Vidal.
En la ida, Messi había sido el protagonista, con dos tantos en la victoria sobre el Espanyol.
El argentino, que el lunes recibió el quinto Balón de Oro de su carrera en la gala anual de premios de la FIFA, no pudo celebrar su galardón esta vez con un gol.
Munir ha sido la gran figura del partido de vuelta.
Con este éxito del Barça se cierra la tanda de tres derbis casi consecutivos que ambos equipos disputaban en este inicio de 2016. Antes de la doble confrontación de los octavos de la Copa del Rey, ambos se habían enfrentado en la primera jornada del año en la Liga española, con un empate 0-0 en el estadio de los blanquiazules.
El Barcelona sigue adelante en su objetivo de revalidar el título en el 'torneo del KO'.
Por su parte, el Athletic de Bilbao, subcampeón de la Copa la pasada temporada, se clasificó también para los cuartos de final, en su caso con una victoria por 1 a 0 en el terreno del Villarreal, actual cuarto clasificado de la Liga española.