En esa institución compartió vestuario con Lionel Messi y contó en una entrevista con TUDN la discusión que tuvo con el argentino y cómo Pep Guardiola tuvo que intervenir.
'Le daban la pelota (a Messi) y empezaba a burlar a uno y a otro, llegaba a la portería y no hacía gol, entonces ya sabes que a mí no me gusta perder ni en las canicas, regañé a Leo porque no pasaba la pelota y no anotaba, se enfadó, empezamos a discutir, Pep entra y calla a Leo, y la bronca se acabó', contó Márquez.
De igual forma habló de otros temas como Ricardo La Volpe, pero no fue el mejor que tuvo, así definió a Pe Guardiola y lo que dijo de los otros que lo dirigieron.
'Me tocaron muy buenos entrenadores, desde Ricardo La Volpe, Deschamps, Guardiola, es difícil, pero si tuviera que escoger a uno sería Guardiola, es perfeccionista, cómo plantea los partidos, cómo trabajo el día a día, trabaja demasiado'.
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Rafa Márquez ganó todo con el FC Barcelona y formó una gran dupla en la central con Carles Puyol, ambos dos grandes históricos de la institución culé.