Debido a las malas decisiones tomadas bajo su gestión el equipo español nunca termino de convencer a la prensa deportiva y la afición, y por ello el club tomó la determinación de cesarlo de su cargo en la institución.
1. Uno de los problemas que no pudo solucionar Zubi, fue el de los centrales que desde la constantes lesiones y porterior retirada del ex capitán del Barcelona, Carles Puyol, el club no fue capaz de contratar un buen defensor para la zaga catalana.
2. Otro grave error fue la venta de dos grandes jugadores Thiago y Fabregas quienes serían los indicados a ocupar el puesto de Xavi Hernández por su próxima retirada, sin embargo, Pep Guardiola y Mourinho se llevaron a estos jovenes de la cantera.
3. Tampoco puedo resolver la renovación del contrato del guardameta Víctor Valdés que era un líder dentro del vestuario y uno de los jugadores más relevantes del Barcelona en los últimos años y le tocó salir por la puesta de atrás en medio de muchas criticas.
4.También fue cuestionado por el valor del fichaje de Neymar, aunque no tenga nada que ver con sus funciones en el club, su gestión se ha visto envuelta en el escándalo del traspaso del joven brasileño que llegó proveniente del Santos de Brasil.
5. Un gran error que cometió el ex Director Deportivo fue la sanción de la FIFA, luego de que Zubizarreta asumió parte de responsabilidad tras la sanción de la FIFA que prohíbe fichar al Barcelona durante todo 2015.
6.En los últimos años muchos jovenes de la cantera se han ido poco a poco del equipo rumbo al extranjero o a otros equipos españoles como en el caso de Bojan, Muniesa, Fontás, Thiago, Cuenca, Tello que son algunos de los nombres de la casa que no lograron terminar de consolidarse en el primer equipo.
7. Luego de la salida de Pep Guardiola vinieron las dudas en el banquillo del Barcelona que dejó en manos de Andoni la tarea de sustituir al mejor técnico de la historia en el club catalán, pero fueron decisiones mal tomadas con un Tito Vilanova enfermo, 'Tata' Martino que no termino de convencer con su manera de dirigir y el actual entrenador Luis Enrique que al parecer tiene los días contados en el cuadro español.
