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Jonathan destacó en el Marcet de Barcelona, España, luego en la Liga de segunda división en Portugal y tercera división de España. Fue goleador, daba asistencias pero en la Fenafuth miraban a otro lado cuando a los entrenadores de selecciones menores se les hablaba de su nombre.
Pasaron los mundiales Sub-17 y Sub-20 donde Honduras participó y los entrenadores nunca lo miraron ni para tenerlo en los entrenamientos, siempre dijeron que en nuestro país había mejores futbolistas cuando ahora el destino le ha dado a Rubio una oportunidad de oro ya que jugará en la Liga de Messi y Cristiano Ronaldo.
Los entrenadores Jorge Jiménez quien dirigió en los mundiales Sub-20, José Valladares en la Sub-17, siempre pensaron que el mediocampista no daba el ancho para ser tomado en cuenta pero Rubio trabajó confiando en Dios como un creyente y hoy la vida lo ha premiado a llevarlo a la Liga donde todo jugador sueña con disputar.
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Previo al Mundial Sub-20 de Nueva Zelanda 2015, Jonathan Rubio vivió una polémica ya que el entrenador de Honduras, Jorge Jiménez, dijo que el equipo no lo prestaba, pero su padre rechazó esta versión y comentó que fue la Fenafuth que no lo quiso convocar.
