Flores había retornado a las águilas en la temporada 2017-18 después de su préstamo al Vancouver Whitecaps en donde permaneció por varias temporadas. Las lesiones y periodo de adaptación en una plantilla ya conformada lo habrían privado de tener un rendimiento óptimo y su 'rebeldía' por estar dentro del once inicial molestó al cuerpo técnico.
“A quienes se quedan los tratamos de la mejor manera y hacerles entender el trabajo en equipo. A Deiby Flores lo hicimos debutar, lo vendió Motagua de la mano de nosotros. Recuerdo que cuando llegó de Estados Unidos y no jugaba (en regreso); empezó a crecer, pero después tuvo una etapa que no entendía, quería ser titular a la fuerza y no se puede”, dijo Diego Vázquez durante una entrevista a DIEZ.
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En su momento fue enviado a las reservas para recuperar su nivel, estuvo unas semanas hasta que tomó la decisión de entrenar personalmente. Más tarde su relación con el club se rompió y estampó su firma con el Olimpia en ya lleva dos campañas.
“Ahora ha mejorada bastante. Pero en su momento quería jugar a la fuerza y no se puede, hay que respetar y ganarse los lugares”, añadió el DT.
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En las últimas dos temporadas,el habilidoso jugador de 22 años sumó 3.143 minutos sucedido de 39 encuentros, esto y sus destacadas participaciones en la Liga Nacional le valió para ser tomado en cuenta en la primera convocatoria de Fabián Coito en la Selección de Honduras (amistoso vs Ecuador), pero finalmente fue descartado para la Copa Oro 2019.