Su clasificación fue un tanto complicada, tuvo una primera ronda complicada donde apenas consiguió superar a Guyana Holandesa y a las Antillas Neerlandesas en una fase de grupos donde sumó 6 puntos en cuatro partidos.
Posteriormente en la segunda ronda el camino se complicó mucho más, vino Honduras, selección contra la cual tenía que enfrentarse en una muerte súbita en busca del pase a la ronda eliminatoria final.
Los primeros dos juegos no consiguieron resolver nada, por lo que se tuvo que jugar un tercer partido en la Ciudad de México, donde los salvadoreños se impusieron por un marcador de 3-2 dejando en el equipo a la selección catracha.
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Aquellos juegos entre ambos seleccionados centroamericanos originaron la llamada “guerra de las 100 horas” o “Guerra del fútbol”, que fue llamada así debido a que los enfrentamientos futbolísticos entre las dos naciones agravó la crisis política que existía en aquel momento, conflicto que acabó con al menos 6000 muertos.
Tras la polémica y lo sucedido ante Honduras, El Salvador continuó su camino con tan solo un escalón por delante en busca del pase a la Copa del Mundo de México.
Haití fue el rival, el seleccionado caribeño pondría las cosas muy complicadas para la “Selecta”, primero fue victoria en Puerto Príncipe para El Salvador 2-1, y cuando parecía que solo tendría que manejar el resultado en San Salvador, el equipo haitiano goleó 3-0 y obligó a un tercer partido.
Aquel recordado partido fue disputado en Kingston, en la isla de Jamaica, donde previo al juego el país centroamericano argumentó que los del Caribe se verían beneficiados por la sede y las condiciones climáticas.
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Con eso y todo, el encuentro se llevó a cabo en la capital jamaiquina, donde el juego se definiría por la mínima a favor de los salvadoreños, quienes consiguieron en esa ocasión, el histórico pase a la Copa del Mundo de 1970.
Si bien es cierto el mundial que realizó aquella selección fue pésimo, cayendo derrotada en los tres juegos, el muro que se derribó abrió paso a futuras clasificaciones de equipos de la región, ubicando en el mapa del fútbol mundial a la zona centroamericana.