El equipo de Mikel Arteta concedió el gol cuando habían transcurrido solo 74 segundos en Villa Park y fue incapaz de dar una respuesta convincente.
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Arsenal había perdido en campo del Wolverhampton el martes y lleva ahora tres partidos seguidos sin ganar en la Premier.
Los Gunners, décimos, están a nueve puntos del cuarto clasificado, Liverpool, que ocupa por el momento la última plaza que da acceso a la próxima Liga de Campeones.
Cuando Arsenal se enfrentó al Aston Villa en noviembre, sufrieron una derrota por 3-0, que le colocó en zona de descenso.
Aunque Arsenal ha conseguido recuperarse en la tabla, el octavo clasificado, Aston Villa, mostró que los Gunners tienen que mejorar mucho.
El Arsenal solo ha marcado un gol en sus últimos tres partidos.
Aston Villa logró su gol más tempranero en la Premier League desde 2014, ayudado por la falta de concentración en defensa de los Gunners.
El defensa portugués del Arsenal, Cedric Soares, lanzó mal el balón, que fue recuperado por Bertrand Traore, quien centró a un desmarcado Watkins, cuyo disparo dio en Rob Holding.