Jona Mejía debutó con la selección en un encuentro amistoso contra Israel en el 2013 siendo dirigido por el colombiano Luis Fernando Suárez y en un torneo oficial contra Belice por la Copa Centroamericana 2014 donde los hondureños quedaron en quinto lugar.
Mejía, de 32 años de edad, solo estuvo en siete partidos con la H, sin embargo no tuvo una buena adaptación y en septiembre 2015 en un amistoso ante Ecuador firmó su última aparición, desde entonces no volvió a ser convocado y ahora con las nuevas figuras que han surgido un llamado se ve casi imposible.
'Cuando estuve en la Selección no se me dieron las cosas como yo quería por diferentes motivos y he llegado a este punto con 32 años donde hay que ser realista conmigo mismo y este es momento de otros futbolistas', aceptó Jona en su última entrevista hablando sobre Honduras.
'Yo siempre voy con la Selección, estoy pendiente, pero ahora mismo hay jugadores jóvenes que se lo merecen y van a llegar para hacer cosas buenas. Yo debo concentrarme en mi club, mi familia y lo que venga sea bienvenido. Tuve la oportunidad pero por diferentes motivos tanto míos y de la forma de juego, está claro que no se aprovechó, pero yo siempre estaré súper feliz de haber llegado a la Selección', agregó.
El delantero ha estado involucrado en diferentes entidades deportivas en el 'viejo continente', teniendo participación en segunda división B (tercera división) con clubes de España como ser Lorca Deportiva, UD Melilla, RCD Fabril, Zamora CF, CD Ourense entre los años 2008 hasta 2013.
Pasó a la primera división de Portugal en el 2013 con el Vitóra Guimaraes, el mismo año volvió a España al Real Jaén. Estuvo en el Cádiz CF, Albacete Balompié, UCAM Murcia Club, Córdoba, CD Lugo, Hércules CF (2014-2020).
Actualmente Mejía sigue jugando y reside en Alcoy donde juega con el CD Alcoyano en Segunda División B de la liga española.
